Die deutsche „Musterkolonie“
Ab 1883 kaufte ein Beauftragter der Bremener Firma Adolf Lüderitz unter zwielichtigen Umständen Land in der Umgebung des Hafens von Angra Pequena (heute Lüderitz) von Joseph Fredericks, dem einheimischen Kapitein von Bethanien. 1884 stellte Bismarck das Gebiet unter den Schutz des Deutschen Reiches. Ein Jahr später wurde eine erste deutsche Kolonialverwaltung in der Missionssiedlung von Otjimbingwe etabliert, 1890 in Windhoek der Grundstein zur sog. Alten Feste, einer Militärbasis, gelegt. In mehreren, nicht immer erfolgreichen Kriegen wurden große Teile des zentralen Hochlands sowie der Süden Namibias unterworfen; weite Territorien, aus denen die viehzüchtenden Herero vertrieben worden waren, wurden von Landspekulanten („Kolonialgesellschaften“) an deutsche Siedler verkauft, deutsche Konzerne erhielten die Erlaubnis zur Mineralienexploration (1908 erster Diamantenfund).
Die Unzufriedenheit der Bevölkerung äußerte sich in mehreren Aufständen, vor allem 1903/04 im großen antikolonialen Aufstand der Herero und Nama. Gegen die Herero blieben die deutschen Truppen in einer entscheidenden Schlacht am Waterberg am 11. August 1904 siegreich; Zehntausende Herero, darunter zahlreiche Frauen und Kinder, wurden anschließen in das wasserlose Omaheke-Sandveld der Kalahari abgedrängt: der erste Völkermord des 20. Jahrhunderts! Im Süden setzte sich ein Guerillakrieg mit den Nama noch bis 1907 fort.